真空泵應保證在一定的時間內抽除水蒸氣和干空氣，維持干燥箱內食品水分升華和解吸所需的真空度。因此，真空系統的主要性能指標應是，a.具有水蒸氣抽除能力;b.干燥箱空載極限真空度足夠低;c.干燥箱出口處有效抽速滿足要求。

目前，在食品冷凍干燥中既能直接抽除水蒸氣，又能滿足性能指標b, c的真空泵只有水蒸氣噴射泵，其他真空泵如水環泵和水噴射泵或是達不到上述性能指標b、c的要求.或是不具備抽除水蒸氣的能力(油封式機械泵)。不具備性能指標b, c的真空泵目前不能用于食品冷凍干燥系統中，而不具備性能指標a的真空泵目前廣泛采用與冷阱配合的工作方式。因此，食品冷凍干燥機中真空系統有兩種，一種是不帶冷阱的水蒸氣噴射泵真空系統;另一種是帶有冷阱的油封式機械真空泵系統。